Bo mạch chủ X99E-ITX/ac còn được tích hợp card Wi-Fi dual-stream 802.11ac tốc độ cao, 2 cổng LAN Intel Gigabit Ethernet, 2 cổng USB 3.1, 4 cổng USB 3.0, 2 cổng USB (chưa rõ 1.0 hay 2.0) và một cổng eSATA. Tùy chọn giao tiếp cho các thiết bị lưu trữ còn có 4 cổng SATA 6 GB/s, 1 cổng SATA Express và 1 cổng Ultra M.2